Browsing by Author "Al-Masri, Rahaf Ata Ouda"

Now showing 1 - 1 of 1

Astrositik GABA Taşıyıcı GAT3 Stabilitesi ve C-Terminal Kesilmesiyle İlgili Dinamiklerinin Siliko Analizi
(2025) Al-Masri, Rahaf Ata Ouda; Önder, Yasemın
Esas olarak astrositlerde ifade edilen GABA taşıyıcısı 3 (GAT3) GABAerjik sistemin bir parçasıdır ve hücre dışı γ-aminobütirik asit (GABA) seviyelerini düzenleyerek merkezi sinir sisteminde inhibe edici/uyarıcı dengenin korunmasına katkıda bulunur. GAT3 bozuklukları ile çeşitli nöropsikiyatrik ve nörodejeneratif bozukluklar arasında karmaşık bir ilişki olduğu düşünülmektedir. Örneğin, Alzheimer hastalığına odaklanan çalışmalarda GAT3'ün rolü konusunda çelişkili sonuçlar mevcuttur. Bazı çalışmalarda hastalık durumunda GAT3 ifadesinde artış gözlenirken, bazılarında gen ifadesinde düşüş gösterilmiştir. Fizyolojik ve patolojik önemine rağmen, GAT3'ün protein yapısı ve işlevi henüz tam olarak karakterize edilmemiştir. Bu tez, GAT3'ün C-terminal bölgesinin yapısal stabiliteyi koruma, konformasyonel geçişleri düzenleme ve substrat bağlama etkileşimlerini etkilemedeki rolünü araştırırken, Alzheimer gibi hastalıklar için terapötik uygulamalara potansiyel etkileri olabilecek GAT3'ün yapısı hakkında daha fazla bilgi elde etmeyi amaçlamaktadır. Homoloji modellemesi kullanılarak, C-terminal (+C) ve C-terminal çıkarılmış (-C) varyantları ile hem içe açık (iGAT3) hem de dışa açık (oGAT3) konformasyonlarda protein yapıları oluşturulmuştur. Biyolojik koşullara benzerlik sağlamak için nano ölçekli moleküler dinamik (NAMD) kullanılarak 1000 nanosaniye boyunca moleküler dinamik simülasyonları gerçekleştirilmiştir. Bulgular, C-terminalinin GAT3'ün genel stabilitesine olası katkısını ve protein ve bağlanma bölgesi içindeki dinamik çapraz korelasyonları etkilediğini göstermektedir.