Browsing by Author "Bala, Deniz"

Now showing 1 - 1 of 1

Sefalotin Molekülünün Dd-transpeptidaz Enzimine Bağlanmasında Serbest Enerjinin Moleküler Dinamik Simülasyon ile Hesaplanması
(Kadir Has Üniversitesi, 2005) Bala, Deniz; Toprakçi, Mustafa
1. Özet Günümüzde antibiyotik kullanımı oldukça yaygındır. Sefalosporin gurubu ise antibiyotik çeşitleri arasında büyük bir yer tutmaktadır. Sefalosporin gurubu antibiyotikler bakteri hücre duvarındaki transpeptidaz enzimine bağlanarak enzimi inaktive etmektedirler. Transpeptidaz enzimi bakteri hücre duvarının (peptidoglikan) oluşumu esnasında pentapeptidin 4ncü rezidüsü olan D-Ala (D-Alanil) molekülü ile D- Alanin köprüsünün çapraz bağlanmasını (cross-linking) katalizlemektedir, bu sırada terminal Alanin' in hidrolizi ile kopması gereken enerjiyi sağlamaktadır. Bakteri hücre duvarının oluşumundaki bu reaksiyon aşamasına transpeptidasyon aşaması denilmektedir. Transpeptidaz enziminin Sefalosporin gurubu bir antibiyotik ile inhibisyonu sonucunda transpeptidasyon aşamasında çapraz bağlanma olayı gerçekleşmemekte ve böylece bakteri hücre duvarı oluşumu tamamlanamamaktadır. Bu çalışmada Streptomyces R61 susundan elde edilen transpeptidaz enziminin sefalotin ilaç molekülü ile bağlanma anında ortaya çıkan serbest enerjinin (AĞ) moleküler dinamik simülasyon ile hesaplaması yapılmıştır. 1