Structure Prediction of Tb Rpob and Its Mutations Binding Analysis

Abstract

Today, tuberculosis is a disease that is still in high-risk categories. Rifampicin is a drug that’s used commonly in the treatment of TB. We know that the effect of this drug is in the region of RNA polymerase on TB. Unfortunately, there isn’t any three-dimensional crystal structure in the rpoß. In this study, a three-dimensional model was created from the DNA sequence and applied the resistance mutations of TB for computing resistance. There are many online tools for three-dimensional modeling using DNA or amino acid sequences. And the best result of the modeling was used in studying that’s more the same with the experimental results. After finding the best model, the mutations were applied for computing the binding energy of mutations.

Tüberküloz bugün hala yüksek risk sınıfında bir hastalıktır. Verem tedavisinde en yaygın kullanılan ilaç rifampisindir. Günümüzde biliyoruz ki bu ilacın TB üzerinde ki etki bölgesi RNA Polimerazdır. Yapılan araştırmalarda ne yazık ki henüz Rpoß için üç boyutlu bir kristal yapısı elde edilememiştir. Bu çalışmada DNA sekansından yola çıkılarak; üç boyutlu model oluşturulması, bu model üzerinden mutasyon dirençlerinin ölçülmesi ve sonuçlarının değerlendirilmesi hedeflenmiştir.DNA veya Amino Asit sekanslarından yararlanarak üç boyutlu modelleme yapan bir çok online tool arasından yapılan modellemeler sonucunda deneysel sonuçlara en uygun çıkan model kullanılmıştır.En iyi model bulunduktan sonra, bu model üzerinde TB mutasyonları uygulanarak yeni durumda RIF'in bağlanma enerjileri ölçülmüştür.