Repurposing of Existing Drugs for Treatment of Covid-19 Target Rna-Dependent Rna Polymerase (rdrp) Enzyme-Using in Silico Screening Techniques

dc.contributor.advisor Yelekçi, Kemal
dc.contributor.author Kiliç, Meltem
dc.contributor.author Yelekçi, Kemal
dc.contributor.other Molecular Biology and Genetics
dc.date.accessioned 2023-10-17T20:46:21Z
dc.date.available 2023-10-17T20:46:21Z
dc.date.issued 2021
dc.department Enstitüler, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı en_US
dc.description.abstract Korona virüsü 2019'dan bu yana dünya genelinde 5 milyondan fazla insanın hayatını kaybetmesine neden olan hastalıktır. 2020 yılında dünya sağlık örgütü tarafından pandemi oluşturan hastalıklar arasına adını yazdıran korona şiddetli yaygın üst solunum enfeksiyonu olarak gözlemlenmektedir. Hastalığın belirtileri 5-6 gün sonra kendini gösterirken şiddetini de bu günlerden sonra göstermeye başlamaktadır. Virüs solunum yollarına yerleşerek sağlıklı alveolleri ve çevresindeki hücreleri tahribata uğratmaktadır. Korona virüs tedaisinde henüz aktif ve etkili yöntem bulunamamıştır. Bu çalışmada da virüsün etkisinin yitirilmesi ve yavaşlatılmasıyla ilgili kullanılacak bir ilaç formu oluşturmak hedeflenmektedir. Virüsün üreme mekanizmasında etkili rol oynayan RNA'ya bağımlı RNA polimeraz veya RNA replikaz enziminin mekanizması bloke edilirse virüs üreme hızının yavaşladığı ve etkisini yitirdiği bilinmektedir. Çalışmamızda Remdesivir (hastalığın tedavisi için kullanılan yaygın ilaçlardan) içerikli bir 7bv2 (Pdb format) enzimi ve 6m71 (Pdb format) enziminin yanında OTAVA chemiacals'dan alınan 'SARS-CoV-2 Helikaz Hedefli Kitaplığı' kullanılmıştır. İki enzim inhibitör üretmek amaçlı veri bankasındaki moleküllerde farklı kesinlik değeri içeren uygulamalarda yerleştirme/kenetleme işlemine tabi tutularak en iyi enerji değerinin elde edilmesi hedeflenmiştir. Bu işlemin ardından oluşturulan kimyasal yapı üzerinde ADME uygulamaları kullanarak komplesin ilaç olabilme özellikleri değerlendirilecektir. Yapılan işlemlerin son kontrolü olarak ise oluşturulan kompleks yapının potansiyel enerjisini ve diğer önemli özelliklerini görmek için NAMD işlemine tabi tutulacaktır. en_US
dc.description.abstract Coronavirus is a disease that has killed more than 5 million people worldwide since 2019. Corona, which has made its name among the diseases that constitute a pandemic by the world health organization in 2020, is observed as a severe common upper respiratory infection. While the symptoms of the disease show themselves after 5-6 days, their severity starts to show after these days. The virus settles in the respiratory tract and destroys healthy alveoli and surrounding cells. An active and effective method has not yet been found in the treatment of the coronavirus. This study, it is aimed to create a drug form to be used for the loss and slowing of the effect of the virus. It is known that if the mechanism of RNA-dependent RNA polymerase or RNA replicase enzyme, which plays an effective role in the reproduction mechanism of the virus, is blocked, the virus reproduction rate slows down and loses its effect. In our study, a 7bv2 (Pdb format) enzyme-containing Remdesivir (one of the common drugs used for the treatment of the disease) and 6m71 (Pdb format) enzyme, as well as SARS-CoV-2 Helicase Targeted Library from OTAVA chemicals were used. To produce two enzyme inhibitors, it is aimed to obtain the best energy value by subjecting the molecules in the database with different precision values to the docking process. After this process, the drug properties of the chemicals will be evaluated by using ADME applications on the complex structure formed. As a final control of the processes, it will be subjected to the NAMD process to see the potential energy and other important properties of the complex structure created. en_US
dc.identifier.endpage 63 en_US
dc.identifier.startpage 1 en_US
dc.identifier.uri https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=sELqxhTlFGAjsbjOuuiyCDTkaZe4cQS3viG2HQXP4HLSuY9Bro_SgR7zVdmoEnSX
dc.identifier.uri https://hdl.handle.net/20.500.12469/4510
dc.identifier.yoktezid 748414 en_US
dc.institutionauthor Kiliç, Meltem
dc.khas 20231017-Tez rn_US
dc.language.iso en en_US
dc.publisher Kadir Has Üniversitesi en_US
dc.relation.publicationcategory Tez en_US
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess en_US
dc.subject Biyoloji en_US
dc.subject Biology en_US
dc.title Repurposing of Existing Drugs for Treatment of Covid-19 Target Rna-Dependent Rna Polymerase (rdrp) Enzyme-Using in Silico Screening Techniques en_US
dc.title.alternative Covid-19 Hedef Rna Bağımlı Rna Polimeraz (rdrp) Enzimlerinin Tedavi için Mevcut İlaçların Yeniden Kullanılması Siliko Tarama Tekniklerinde Kullanılması en_US
dc.type Master Thesis en_US
dspace.entity.type Publication
relation.isAuthorOfPublication 9407938e-3d31-453b-9199-aaa8280a66c5
relation.isAuthorOfPublication.latestForDiscovery 9407938e-3d31-453b-9199-aaa8280a66c5
relation.isOrgUnitOfPublication 71ce8622-7449-4a6a-8fad-44d881416546
relation.isOrgUnitOfPublication.latestForDiscovery 71ce8622-7449-4a6a-8fad-44d881416546

Files

Original bundle

Now showing 1 - 1 of 1
Loading...
Thumbnail Image
Name:
748414.pdf
Size:
2.24 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Tam Metin / Full Text

Collections