Global Alignment of Metabolic Pathways and Protein-Protein Interaction Networks

dc.contributor.advisor Erten, Cesim en_US
dc.contributor.author Abaka, Gamze
dc.contributor.author Erten, Cesim
dc.contributor.other Computer Engineering
dc.date.accessioned 2020-06-29T10:11:33Z en_US
dc.date.available 2020-06-29T10:11:33Z en_US
dc.date.issued 2014 en_US
dc.department Enstitüler, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı en_US
dc.department-temp Kadir Has University : Graduate School of Science and Engineering: Computer Engineering  en_US
dc.description.abstract Metabolic pathways and protein interaction networks are essential at almost every function for living organisms. Simply, while reactions produce life energy within cells, protein interaction networks provide biological functions. Also, abnormal reactions or interactions cause various disorders. Thus, in bioinformatics, most of the studies are based on these networks in order to find hopeful results for these disorders and biological challenges. Solving alignment problem is one of these studies such that it tries to find similar reactions, proteins or functions. In this thesis, we focus on that problem within both metabolic pathways and protein interaction networks. Firstly, we propose a constrained alignment algorithm, CAMPways, for one-to-many alignment of metabolic pathways and we extend the framework, CAPPI, for one-to-one protein interaction network alignment with necessary changes. Afterwards, we provide the computational intractability of the problem and finally we compare our algorithm with different algorithms on actual metabolic pathways and protein interaction networks. en_US
dc.description.abstract Metabolik yolaklar ve protein etkileşim ağları, yaşayan canlıların neredeyse tüm fonksiyonlarında hayati önem taşımaktadır. En basit haliyle, reaksiyonlar hücre içinde yaşam enerjisi üretirken, protein etkileşim ağları biyolojik fonksiyonların gerçekleşmesini sağlamaktadır. Ayrıca, normal olmayan reaksiyonlar ya da etkileşimler çeşitli hastalıklara neden olmaktadır. Bu nedenle, biyoinformatik alanındaki birçok çalışma, bu hastalıklara ve biyolojide çözülmesi gereken sorunlara umut verici sonuçlar alabilmek amacıyla, bu ağlara dayanmaktadır. Hizalama probleminin çözülmesi, bu çalışmalardan biridir ve bu problem, benzer reaksiyonları, proteinleri ya da fonksiyonları bulmaya çalışır. Bu tez kapsamında, hem metabolik yolaklar hem de protein etkileşim ağları için hizalama problemi ele alınmaktadır. Öncelikle metabolik yolakların bire-çok hizalanması için kısıtlandırılmış bir algoritma (CAMPways) sunulmakta, daha sonra bu algoritma protein etkileşim ağlarının bire-bir hizalanması için geliştirilmekte (CAPPI) ve gerekli değişiklikler uygulanmaktadır. Problemin işlemsel karmaşıklığı verilip, gerçek veriler üzerinde diğer algoritmalar ile karşılaştırmaları yapılmaktadır. en_US
dc.identifier.uri https://hdl.handle.net/20.500.12469/2973
dc.identifier.yoktezid 364127 en_US
dc.language.iso en en_US
dc.publisher Kadir Has Üniversitesi en_US
dc.relation.publicationcategory Tez en_US
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess en_US
dc.title Global Alignment of Metabolic Pathways and Protein-Protein Interaction Networks en_US
dc.type Master Thesis en_US
dspace.entity.type Publication
relation.isAuthorOfPublication ba94d962-58f9-4c10-bdc8-667be0ec3b67
relation.isAuthorOfPublication.latestForDiscovery ba94d962-58f9-4c10-bdc8-667be0ec3b67
relation.isOrgUnitOfPublication fd8e65fe-c3b3-4435-9682-6cccb638779c
relation.isOrgUnitOfPublication.latestForDiscovery fd8e65fe-c3b3-4435-9682-6cccb638779c

Files

Original bundle

Now showing 1 - 1 of 1
Loading...
Thumbnail Image
Name:
Global Alıgment Of Metabolic Pathways And Protein-Protein Interaction Networks.pdf
Size:
2.07 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:

License bundle

Now showing 1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
Name:
license.txt
Size:
1.71 KB
Format:
Item-specific license agreed upon to submission
Description:

Collections