Corrected PRA positivity rates for hypersensitized patients in Turkish population with calculated PRA-cPRA software

dc.contributor.advisorYelekçi, Kemal
dc.contributor.authorYelekçi, Kemal
dc.date.accessioned2023-10-17T20:46:21Z
dc.date.available2023-10-17T20:46:21Z
dc.date.issued2017
dc.departmentEnstitüler, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalıen_US
dc.description.abstractYüksek PRA (Panel Reaktif Antikor) oranları, böbrek nakli şansını düşürebilir ve nakilden önce uzun süre beklemeye yol açabilir. cPRA (Hesaplamalı Panel Reaktif Antikor), kabul edilemez (uyumsuz) HLA (Human Lökosit Antijen) antijenleri temel alınarak yapılır. Bu antijenler, serumda dolaşan HLA antijenlerine karşı gelişen antikorlara ve bu antikorların antijenlere bağlanma riskine dayanılarak oluşturulmuş bir bilgisayar programı ile tanımlanır. Böylece popülasyonun antijen profili ve antijen frekansları ölçülebilir ve bu yöntem kullanılarak daha gerçekçi cPRA pozitiflik oranları elde edilebilir. Türkiye'de EFI (European Federation Immunogenetics) tarafından akredite edilmiş iki doku tipleme laboratuvarında 494 kan bağışçısının HLA antijenlerine dayanan bir bilgisayar programı geliştirdik. Verici örneklerinin doku tiplemesi YND (Yeni Nesil Dizileme) tabanlı olarak yapıldı. İstanbul Tıp Fakültesi'nde kadavradan organ nakli yapılmasını bekleyen 380 hastaya PRA tarama testi uygulandı. 48 aşırı duyarlı hastaya antikor profillerini belirlemek için (TAT) Tek Antijen Tanımlama testi yapıldı. Duyarlılaşmış hastaların mevcut yöntemlerle PRA pozitifliği ortalama %44,6, ancak cPRA yazılımı kullanılarak pozitifliği ortalama %86,2 bulundu. cPRA yazılımı kabul edilemez tüm antijenlere göre reddedilen vericilerin oranını göstermektedir. PRA pozitiflik oranının yerine, kabul edilemez antijenlerin listesi olarak sunulan duyarlılığa bağlı hesaplamalı cPRA pozitiflik oranı ihtiyaç duyulan gerçek bir değişimdir. Esas olarak, cPRA'nın uygulanması Türkiye'de birçok merkezi ve laboratuvarı, duyarlılığın standart bir ölçümü olarak benimsemeye teşvik edecektir. cPRA yazılımını kullanmak, kabul edilemez uyuşmazlık programı oluşturarak, özellikle aşırı duyarlı hastalar için daha iyi bağış yapma şansını artıracaktır.en_US
dc.description.abstractHigh rates of PRA (Panel Reactive Antibody) may decrease the chance of kidney transplant and may result in long-waiting periods before transplantation. The cPRA (Calculated Panel Reactive Antibody) is performed based on unacceptable HLA (Human Leukocyte Antigen) antigens. These antigens are identified by a computer program, which was created based on the antibodies that developed against the HLA antigens circulating in serum, and on the risk of binding of these antibodies to antigens. The antigen profile of the population and antigen frequencies can be measured, and more realistic cPRA positivity rates may be obtained using this method. We developed a computer program based on the HLA antigens of 494 blood donors in two tissue typing laboratory laboratories in Turkey accredited by EFI (European Federation of Immunogenetics). NGS (Next Generation Sequencing) based tissue typing of the donor samples were performed. PRA screening test was performed to 380 patients who were waiting for organ transplant from a cadaver in Istanbul University, Istanbul Faculty of Medicine. The SAB (Single Antigen Bead Assay) testing was performed to identify the antibody profiles on 48 hypersensitized patients. The mean of PRA positivity of the sensitized patients using the current methods were found as 44.6%, however, the rate was found as 86.2% using the cPRA software. cPRA software shows the rate of the rejected donors according to all unacceptable antigens. The need for a list of unacceptable antigens, in place of the PRA positivity rate, is a real change in the sensitization dependent calculation as in cPRA positivity rate. In principal, implementation of cPRA will encourage many centers and laboratories to adopt a standard measurement of sensitization in Turkey. It will increase the chances of finding a better donor particularly for hypersensitized patients, by the creation of an unacceptable mismatch program using cPRA software.en_US
dc.identifier.endpage45en_US
dc.identifier.startpage1en_US
dc.identifier.urihttps://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=7lOJX8w_8PRQU1mSHU6-jugh-XM9b8pvdtN7JP2ze1ndJzC0s7GUtovKxnVINRlx
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12469/4509
dc.identifier.yoktezid470076en_US
dc.institutionauthorKaradeniz, Sedat Tanju
dc.khas20231017-Tezrn_US
dc.language.isoenen_US
dc.publisherKadir Has Üniversitesien_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectGenetiken_US
dc.subjectGenetics ; Mühendislik Bilimlerien_US
dc.titleCorrected PRA positivity rates for hypersensitized patients in Turkish population with calculated PRA-cPRA softwareen_US
dc.title.alternativeTürk popülasyonundaki hipersensitize hastaların hesaplamalı PRA cPRA yazılımı ile düzeltilmiş PRA oranlarıen_US
dc.typeMaster Thesisen_US
dspace.entity.typePublication
relation.isAuthorOfPublication9407938e-3d31-453b-9199-aaa8280a66c5
relation.isAuthorOfPublication.latestForDiscovery9407938e-3d31-453b-9199-aaa8280a66c5

Files

Original bundle

Now showing 1 - 1 of 1
Loading...
Thumbnail Image
Name:
470076.pdf
Size:
1.5 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Tam Metin / Full Text

Collections