In Silico Inhibitor Design For Monomine Oxidase A And B Isozymes

dc.contributor.advisorYelekçi, Kemalen_US
dc.contributor.authorYelekçi, Kemal
dc.date.accessioned2019-07-12T08:39:14Zen_US
dc.date.available2019-07-12T08:39:14Zen_US
dc.date.issued2012en_US
dc.departmentEnstitüler, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalıen_US
dc.department-tempKadir Has University : Graduate School of Science and Engineering: Computational Biology and Bioinformaticsen_US
dc.description.abstractin this thesis study MAO-A and MAO-B isozymes are selected as target enzymes that have important role of regulation of diseases such as ..Parkinson Alzheimer and depression... MAO isozymes which catalyze the oxidation of monoamines in the body stand out in these diseases. Today explicitly known that MAO enzymes oxidize the neurological amines such as serotonine dopamine neuroadrenaline more than usual way and result in the reduction of the level of these important monoamines creating disease state. -- Abstract'tan.en_US
dc.description.abstractBu tez çalışmasında `'Parkinson, Alzheimer ve Depresyon'' gibi hastalıkların meydana gelmesinde önemli rol oynayan MAO enziminin iki izomeri olan MAO-A ve MAO-B izoenzimleri hedef olarak seçilmiştir. Vücuttaki monoaminleri katalize etmekle görevli olan MAO izoenzimleri özellikle bu hastalıklarda göze çarpmaktadır. Bu hastalarda normalden daha fazla çalışarak vücuttaki seratonin, dopamin, nöradrenalin gibi monoaminlerin konsantrasyonunu oldukça düşürdükleri günümüzde açıkça bilinmektedir.Flavin ailesi üyesi olan bu enzimlerin kristalize edilmiş üç boyutlu yapıları insan MAO-A'sı harmine kompleksi ile (2z5x ), insan MAO-B'si ise safinamide kompleksiyle (2v5z) birlikte olmak üzere protein bilgi bankasından alınmıştır.Daha önceki bilimsel çalışmalar göz önünde bulundurularak MAO izoenzimlerinin inhibisyonuna yönelik 105'i r-geometrik izomeri, 105'i s-geometrik izomeri olmak üzere toplam 210 tane ligant bileşiği oluşturulmuştur Bilgisayar destekli yapıya dayalı ilaç tasarımı, enzimlerin aktif bölgesi ile ligantlar arasındaki en düşük enerji konformasyonlarında bağlanma durumlarını ölçmeyi hedefler. Bunu yaparken geliştirişmiş docking metotlarını kullanarak enzimlerin ve ligantların 3 boyutlu yapılarındaki değişkenliklerini de hesaba katar.Bilgisayar destekli docking araçları spesifik algoritmaları sayesinde kendi skor fonksiyonlarını üretir. Böylelikle ligantların hedef enzimlere en düşük konformasyonda bağlanma enerjileri bu skorlar yardımıyla tahmin edilmektedir.. Yaptığımız çalışmada docking simülasyonları Autodock 4.2 ve Accelryss 3.1 libdock programları ile gerçekleştirildi.Autodock 4.2 programıyla yapılan çalışmalar sonunda ölçülen Ki değerleri olumlu sonuçlar vermiştir. Ayrıca her iki docking simülasyonunda incelenen ligant bileşikleri 1d3r,1a3r,1a6r MAO-A izoenzimiyle eşleşmede ve 2d1r, 1d6s, 1d3s ve 3b4r ligant bileşikleri ise MAO-B izoenzimiyle eşleşmede oldukça yüksek sonuçlar vermiştir. Bu ligantlar MAO enzimleri için inhibitör adayı olduklarını gösterirler ve gelecek çalışmlara ışık tutabilirler.en_US
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12469/2307
dc.identifier.yoktezid312884en_US
dc.language.isoenen_US
dc.publisherKadir Has Üniversitesien_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.titleIn Silico Inhibitor Design For Monomine Oxidase A And B Isozymesen_US
dc.typeMaster Thesisen_US
dspace.entity.typePublication
relation.isAuthorOfPublication9407938e-3d31-453b-9199-aaa8280a66c5
relation.isAuthorOfPublication.latestForDiscovery9407938e-3d31-453b-9199-aaa8280a66c5

Files

Original bundle

Now showing 1 - 1 of 1
Loading...
Thumbnail Image
Name:
CaglaMidik.pdf
Size:
3.39 MB
Format:
Adobe Portable Document Format

Collections