TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
Permanent URI for this collectionhttps://gcris.khas.edu.tr/handle/20.500.12469/4467
Browse
Browsing TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu by Author "Akdoğan, Ebru Demet"
Now showing 1 - 6 of 6
- Results Per Page
- Sort Options
Research Project Citation Count: 0B2 Adrenerjik Reseptöründe Aktif Ve İnaktif Hallere Geçişlerdeki Allosterik Mekanizmanın Araştırılması Ve İlaç Tasarım Çalışmalarında Uygulaması(2016) Akdoğan, Ebru Demet; Turgut, Pemra DorukerÖnemli bir hücre zarı proteini olan ?2-adrenerjik reseptörü (kısaca ?2-AR), G protein bağlantılı reseptör (GPCR) üstfamilyasından olup, farklı sinyal aktarım yollarında başlangıç konumundadır. Lipid hücre zarı içine gömülü yedi sarmal ve, hücre içi ve dışına bakan loop bölgelerden oluşan tersiyer yapısı, reseptörde sinyal başlatımı için gerekli konformasyonel esnekliği sağlamaktadır. İnsana ait ?2-AR?ın üç boyutlu yapısı 2007?den bu yana bir çok defa hem aktif, hem de inaktif hallerindeyken ortaya çıkartılmış olmasına rağmen, konformasyonel çeşitliliği gösteren ara yapılar ve allosterik mekanizma tam olarak çözülememiştir. Diğer tarafta, hücre içine bakan ve proteinin dinamik karakterini önemli ölçüde etkileyen 32 rezidülük bir loop bölgesi olan ICL3 hiç bir deneysel ve simülasyon çalışmasında dikkate alınmamıştır. Bu çalışmanın en temel hedefi, hücre içi ve hücre dışına bakan bölgeler arasındaki allosterik etkileşimi bu son derece önemli ICL3 bölgesiyle beraber ortaya çıkartmak ve aktif/inaktif geçişlerdeki ara halleri belirleyerek ilaç tarama çalışmalarında daha etkin olacak reseptör yapıları belirlemektir. Onaylanan Bütçe: Bu projede toplam 4 mikrosaniyeyi bulan 9 farklı Moleküler Dinamik simülasyonu (NAMD) gerçekleştirilmiştir. Bunun sonucunda, ICL3 bölgesinin reseptörün alt kısmında kapalı olduğu inaktif yapının son derece kararlı olduğu, bunun da ICL3 ile beşinci ve altıncı transmembran heliksler (TM5 ve TM6) arasındaki çok sayıda hidrojen bağı sayesinde gerçekleştiği ortaya çıkartılmıştır. Bunun yanı sıra, reseptörün hücre dışına yakın olan ligant bağlama bölgesinde yer alan çok sayıda kritik rezidüler arasına belirli derecelerde uzaklık kısıtlamaları getirilmiştir. Bu kısıtlamaların, reseptörün ICL3?ü de içine alan hücre içine bakan alt bölgesini ciddi biçimde etkilediği, bunun da allosterik etkileşimler sonucunda gerçekleştiği görülmüştür. 4 mikrosaniye gibi bir veri kaynağı kullanılarak, sadece ligant bağlama bölgesindeki rezidülere göre yapılan bir kümeleme yöntemiyle, reseptörün birbirinden çok farklı konformasyonları elde edilmiştir. Elde edilen her konformasyon, ligant bağlama bölgesi için değişik ara halleri temsil etmektedir. Küçük çapta bir veri bankası kullanılarak yapılan taramalar sonucunda, konformasyonlardan bazılarının bilinen kristal yapılardan çok daha seçici olduğu gösterilmiştir.Research Project Citation Count: 0Beta-2 adrenerjik reseptör proteinin dinamik yapısının araştırılması ve bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki önemi(2012) Akdoğan, Ebru Demet; Doruker, Pemra[Abstract Not Available]Article Citation Count: 1Exploring distinct binding site regions of beta(2)-adrenergic receptor via coarse-grained molecular dynamics simulations(Scientific Technical Research Council Turkey-Tubitak, 2013) Akdoğan, Ebru Demet; Akdoğan, Ebru Demetbeta(2)-Adrenergic receptor (beta(2)AR) is a G protein-coupled receptor that is highly flexible and able to recognize a wide range of ligands through its conformational variations. Active and inactive conformations revealed by recent crystallographic experiments do not provide a complete dynamic picture of the receptor especially in the binding site. In this study molecular dynamics (MD) simulation through a residue-based coarse-grained model is used as an alternative and efficient method to explore a wider conformational search space. The system was composed of beta(2)AR embedded into a 1-palmitoyl-2-oleoyl-phosphatidylcholine membrane bilayer with surrounding water. A total of 6 mu s of simulation at constant NPT was performed for a system of 6868 coarse-grained beads. The system reached equilibrium at around 0.1 mu s. The overall 3-dimensional structure was well preserved throughout the simulation. Local residue-based fluctuations were in good agreement with fully atomistic MD simulations. Four distinct snapshots were selected and reverse-mapped to all-atom representations with around 65000 atoms. Each reverse-mapped system was later subjected to 100 ns of MD simulation for equilibration. Root mean square deviation clustering analysis yielded distinct receptor conformers for the binding site regions which were suggested to be alternative representations of the binding pocket and thus were proposed as plausible targets in docking-based virtual screening experiments for the discovery of novel antagonists.Article Citation Count: 16In silico design of novel and highly selective lysine-specific histone demethylase inhibitors(Scientific Technical Research Council Turkey-Tubitak, 2011) Akdoğan, Ebru Demet; Yelekçi, Kemal; Yelekçi, KemalHistone lysine-specific demethylase (LSD1) is involved in a wide range of epigenetic processes and plays important roles in gene silencing DNA transcription DNA replication DNA repair and heterochromatin formation. Its active site shows a resemblance to those of 2 homologous enzymes monamine oxidase A and B (MAO-A and MAO-B.) In the present work starting from suitable scaffolds and generating thousands of structures from them 10 potential inhibitors were obtained with structural and physicochemical properties selectively suitable for inhibiting LSD1. iLib Diverse software was used to generate the diverse structures and 3 docking tools CDOCKER GOLD and AutoDock were used to find the most probable potential inhibitor based on its binding affinity. The dispositions of the candidate molecules within the organism were checked by ADMET_PSA_2D (polar surface area) versus ADMET_AlogP98 (the logarithm of the partition coefficient between n-octanol and water) and their suitability is discussed. The LSD1 inhibition activities of the candidates were compared with the properties of trans-2-phenylcyclopropylamine (tranylcypromine) and 2-(4-methoxy-phenyl) cyclopropylamine which are the 2 known inhibitors of LSD1.Research Project Citation Count: 0Kompleks Proteinlerin Farklı Bölgelerindeki Amino Asit Dağılımı ve Etkileşimini Etkileyen Çevresel ve Yapısal Faktörlerin İncelenmesi: Hücre Zarı Ortamı, Sekonder Yapı ve Kompleks Yapıdaki Monomer Sayısı(2020) Akdoğan, Ebru DemetBu projede kompleks yapılardaki amino asit türleri, dagılımları, görülme sıklıkları, çözücü ersilir yüzey alanı (SASA), arayüzeyde etkilesen amino asit çiftlerinin görülme sıklıkları ve kontakt derecelerini etkileyen yapısal ve çevresel faktörler ele alınarak, bu degisimler ayrıntılı bir sekilde ortaya konmustur. Bu faktörlerden biri olan kompleks yapının içinde bulundugu ortam ele alındıgında, hücre zarı proteinin hücre dısına tasan periferik ortamdaki arayüzey bölgesinin, hücre içi lipid ortamdaki arayüzey bölgesinden her yönden farklı oldugu gösterilmistir. Bir diger faktör de kompleks yapıyı olusturan monomerik birim sayısıdır. Alfasarmal kategorisinde yer alan dimerik, trimerik ve tetramerik yapılar amino asitlerin tür ve dagılımları, SASA, propansite ve arayüzey kontakt dereceleri, frekansları ve skor degerlerine göre karsılastırıldıgında her yönden dikkat çekici farklılıklar ortaya çıkmıstır. Son olarak sekonder yapıdaki degisikligin ne derece etkili bir faktör olacagını göstermek amacıyla, betasilindir yapılar kendi içlerinde incelenmis ve en büyük farklılık ta bu kategoride ortaya çıkmıstır. Bu bulgular dogrultusunda bir sonraki daha kapsamlı proje önerimizde gelistirilmesi planlanan arayüzey tahmin algoritması için kritik öneme sahip farklılıklar ortaya çıktıgından, her kategorinin kendi içinde ele alınması gerektigi ve faktörlerden en fazla hücre içi/dısı ortam ile sekonder yapının dikkate alınması gerektigi vurgulanmıstırResearch Project Citation Count: 0Sonlu Metrik Uzayların Gromov Çarpımları İleİncelenmesi Ve Filogenetik Uygulamaları(2021) Akdoğan, Ebru Demet; Koçak, Mehmet Şahin; Çelik, Derya; Bilge, Ayşe HümeyraSonlu metrik uzaylar, sonlu bir X kümesi üzerinde tanımlı bir d uzaklık fonksiyonu ile karakterize edilen uzaylardır. Projede, sonlu metrik uzayların sınıflandırılması ve çizge temsilleri problemlerine Gromov çarpımları vasıtasıyla yeni bir yaklaşım getirilmiş ve filogenetik analiz hesaplarına uygulanmıştır. Sonlu metrik uzaylar, üçgen eşitsizliklerini sağlayan ve negatif olmayan noktalar kümesi ile tanımlanır ve bir polihedral koni oluştururlar. Sonlu metrik uzayların sınıflandırılması, bu kümenin, hipersimpleks bölümlemesi olarak adlandırılan kanonik bir bölümlemesi ile yapılmaktadır. Literatürde, 4,5,6 elemanlı uzaylar için hipersimpleks bölünlemesi bilinmektedir ancak 6 dan büyük elemanlı uzaylar için herhangi bir sonuç bulunmamaktadır. Çalışmamızda, n elemanlı metrik uzayların sınıflandırma problemine, Gromov çarpımı ve dörtgen yapısı yöntemleri ile yaklaşılarak eleman sayısı 6dan küçük uzaylar için için dörtgen yapısı sınıflaması ve eleman sayısı 8 den küçük uzaylar için , için Gromov çarpımı sınıflamaları elde edilmiştir. Biyolojik sistemlerin incelenmesinde bir araç olarak kullanılan filogenetik ağaçlar, bir türün varyantları arasındaki mesafelerden hareketle, birbirleri arasındaki geçişleri ve oluşum aşamalarını temsil eden çizgelerdir. Literatürde, bu çizgelerin ağaç yapısında olduğundan hareketle çeşitli yöntemler geliştirilmiş, ancak ağaç yapısı varsayımının geçerli olmadığı durumlarda zorluklarla karşılaşılmıştır. Projede, ağaç varsayımı yapılmadan, verilen bir ailenin gen/protein yaısındaki dizilimlerden hareketle hesaplanan mesafe fonksiyonları hesaplanmış, sonlu bir metrik uzay olarak Gromov çarpımı ve dörtgen yapıları çıkarılmış, ağaç yapısına sahip olma/olmama ve döngülerin varlığına karar verme konusunda yaklaşıklık kriterleri getirilmiştir.