Kompleks Proteinlerin Farklı Bölgelerindeki Amino Asit Dağılımı ve Etkileşimini Etkileyen Çevresel ve Yapısal Faktörlerin İncelenmesi: Hücre Zarı Ortamı, Sekonder Yapı ve Kompleks Yapıdaki Monomer Sayısı

Abstract

Bu projede kompleks yapılardaki amino asit türleri, dagılımları, görülme sıklıkları, çözücü ersilir yüzey alanı (SASA), arayüzeyde etkilesen amino asit çiftlerinin görülme sıklıkları ve kontakt derecelerini etkileyen yapısal ve çevresel faktörler ele alınarak, bu degisimler ayrıntılı bir sekilde ortaya konmustur. Bu faktörlerden biri olan kompleks yapının içinde bulundugu ortam ele alındıgında, hücre zarı proteinin hücre dısına tasan periferik ortamdaki arayüzey bölgesinin, hücre içi lipid ortamdaki arayüzey bölgesinden her yönden farklı oldugu gösterilmistir. Bir diger faktör de kompleks yapıyı olusturan monomerik birim sayısıdır. Alfasarmal kategorisinde yer alan dimerik, trimerik ve tetramerik yapılar amino asitlerin tür ve dagılımları, SASA, propansite ve arayüzey kontakt dereceleri, frekansları ve skor degerlerine göre karsılastırıldıgında her yönden dikkat çekici farklılıklar ortaya çıkmıstır. Son olarak sekonder yapıdaki degisikligin ne derece etkili bir faktör olacagını göstermek amacıyla, betasilindir yapılar kendi içlerinde incelenmis ve en büyük farklılık ta bu kategoride ortaya çıkmıstır. Bu bulgular dogrultusunda bir sonraki daha kapsamlı proje önerimizde gelistirilmesi planlanan arayüzey tahmin algoritması için kritik öneme sahip farklılıklar ortaya çıktıgından, her kategorinin kendi içinde ele alınması gerektigi ve faktörlerden en fazla hücre içi/dısı ortam ile sekonder yapının dikkate alınması gerektigi vurgulanmıstır