Pharmacophore- based screening and docking for the discovery of novel antagonists of Beta-2 adrenergic receptor

dc.contributor.advisorAkdoğan, Ebru Demeten_US
dc.contributor.authorAkdoğan, Ebru Demet
dc.date.accessioned2019-07-12T08:42:45Zen_US
dc.date.available2019-07-12T08:42:45Zen_US
dc.date.issued2013en_US
dc.departmentEnstitüler, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalıen_US
dc.department-tempKadir Has University : Graduate School of Science and Engineering: Computational Biology and Bioinformaticsen_US
dc.description.abstractß2AR which is the member of rhodopsin-like GPCR is the target system for the discovery of novel antagonists using structure-based pharmacophore modeling and docking methods. initially a shared pharmacophore model is obtained using the structure of five known inactive ß2AR complex (PDB ids: 2HR1 3D4S 3NY8 3NY9 and 3NYA). in order to test the discriminatory power of pharmacophore model a small database consisting of 117 known molecules (53 antagonists against 64 agonists) was screened using LigandScout software tool. The screening yielded 44 antagonists (72% true positives) against 17 agonists (18% false positives) which was found satisfactory. Then under the same screening conditions the second database that is the clean drug-like subset of ZiNC database was screened. -- Abstract'tan.en_US
dc.description.abstractß2AR, rodopsin benzeri GPCR üyesi olup, yapı-tabanlı farmakofor modelleme ve docking yöntemleri kullanılarak yeni antagonistlerinin keşfi için hedef sistemidir. İlk olarak bilinen beş inaktif ß2AR kompleksi (PDB kodu: 2RH1, 3D4S, 3NY8, 3NY9 ve 3NYA) kullanılarak ortak bir farmakofor modeli elde edilmiştir. Bu farmakofor modelinin ayırt edici özelliğini test edebilmek için bilinen 117 molekülden (53 antagoniste karşılık 64 agonist) oluşan küçük bir veritabanı LigandScout programıyla taranmıştır. Tarama sonucu 44 antagoniste (%72 doğru pozitif) karşılık 17 agonist (%18 yanlış pozitif) tatmin edici bulunmuştur. Daha sonra, aynı koşullar altında ZINC veritabanının bir alt veritabanı olan temiz ilaç benzeri veritabanı taranmıştır. 9,928,465 molekülden 729,413 tanesi istenilen farmakofor özelliklerini karşılamıştır. Bütün bu moleküller GOLD ve AUTODOCK programları kullanılarak dört ayrı scoring fonksiyonu (CHEMPLP, DSX Score, GoldScore ve ChemScore) ile inaktif kristal yapılarından birine (PDB kodu: 2RH1) dock edilmiştir. Bu dock edilen pozlardan en yüksek skora sahip olanlar antagonistlerin bağlanması için gerekli olan bazı anahtar rezidüler baz alınarak analiz edilmiştir. Docking hesaplamaları sonucunda test setten 3 antagonistin ve ZINC veritabanından ise 360 bileşiğin dört scoring fonksiyonunda da en yüksek skora sahip olduğu sonucuna varılmıştır. Son olarak Discovery Studio tarafından sağlanan ADMET özellikleri test edilmiştir. ADMET analizi sonucunda küçük setten bir molekül ve ZINC veritabanından ise 62 molekül ß2AR için uygun antagonistler olarak belirlenmiştir.en_US
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12469/2575
dc.identifier.yoktezid333164en_US
dc.language.isoenen_US
dc.publisherKadir Has Üniversitesien_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.titlePharmacophore- based screening and docking for the discovery of novel antagonists of Beta-2 adrenergic receptoren_US
dc.typeMaster Thesisen_US
dspace.entity.typePublication
relation.isAuthorOfPublication558d2b8e-c713-49e0-9350-d354abb5cd69
relation.isAuthorOfPublication.latestForDiscovery558d2b8e-c713-49e0-9350-d354abb5cd69

Files

Original bundle

Now showing 1 - 1 of 1
Loading...
Thumbnail Image
Name:
RuyaYakar.pdf
Size:
7.6 MB
Format:
Adobe Portable Document Format

Collections