In silico design of novel and highly selective cyclooxygenase-2 inhibitors

dc.contributor.advisorYelekçi, Kemalen_US
dc.contributor.authorYelekçi, Kemal
dc.date.accessioned2020-06-23T12:46:22Zen_US
dc.date.available2020-06-23T12:46:22Zen_US
dc.date.issued2014en_US
dc.departmentEnstitüler, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalıen_US
dc.department-tempKadir Has University : Graduate School of Science and Engineering: Bioinformatics and Genetics en_US
dc.description.abstractFor many years, prevention of inflammation is achieved by inhibition of both cyclooxygenase (COX) enzymes; the eventual outcome is gastrointestinal toxicity. Selective inhibitor design for COX-2 initialized just after discovery of two distinct types of COX enzymes. Both isoforms of COX show great similarities at the active sites. It is still essential to find more potent, more selective and reversible COX-2 inhibitors. Crystallographic structures of COX-1 (pdb code: 1Q4G; Ovis aries COX-1 crystallized with Alpha-Methyl-4-Biphenylacetic, resolution 2.00 Å) and COX-2 (pdb code: 3NT1; Mus musculus COX-2 crystallized with naproxen, resolution 1.73 Å) isozymes have paved the way for computational modeling. In the present work, from receptor cavities of enzyme, suitable scaffolds for both isozyme are generated by using ZINCv12 fragment library. Accelrys 3.1's Discovery Studio Protocols and de novo design module were assigned in the derivation process of the scaffolds via link library to produce 1129 analogs. GOLD and AutoDock 4 are used to scan and define poses in catalytic sites of both COX isozymes. Known inhibitors were taken as a reference for verification of modeling studies. The best resultant inhibitors are subjected to ADMET test and validity is confirmed.en_US
dc.description.abstractYıllarca, vücutta oluşan enflamasyonu engellemek için her iki COX enzim inhibisyonunun sağlanması gerektiği düşünülmüş ve sonuçta gastrointestinal zehirlenmeler ortaya çıkmıştır. Seçimli COX-2 inhibitör tasarımı, iki ayrı COX enzimi bulunmasından hemen sonra başlamıştır. Her iki enzim de aktif bölgelerinde yüksek benzerlik gösterir. Daha etkili, seçimli ve tersinir COX-2 inhibitör tasarımı çok önemlidir. COX-1 (pdb kodu: 1Q4G; Alfa-Metil-4-Bifenilasetik asit ile koyun COX-1 enzimi, çözünürlük 2.00 Å) ve COX-2 (pdb kodu: 3NT1; naproksen ile fare COX-2 enzimi, çözünürlük 1.73 Å) kristalleri in silico olarak hesaplamalı modellemenin yolunu açmıştır. Bu çalışmada reseptör oyuklarından her iki enzim içinde ZINCv12 parçacık kütüphanesi yardımı ile uygun iskelet yapılar oluşturulmuş, küçük grupları Accelrys 3.1 Discovery Studio protokolleri ve de novo dizayn modülü ile farklı pozisyonlarda kullanılarak 1129 analog elde edilmiştir. GOLD ve Autodock 4 kullanılarak tarama gerçekleştirilmiş ve bağlanma pozları belirlenmiştir. Piyasada bulunan bilinen inhibitörler çalışmada temel referans olarak alınmıĢtır. En iyi çıkan inhibitörler ADMET testine tabi tutulmuĢ ve geçerli sayılmıştır.en_US
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12469/2952
dc.identifier.yoktezid352259en_US
dc.language.isoenen_US
dc.publisherKadir Has Üniversitesien_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectCOX-2 inhibitoren_US
dc.subjectStructure based drug designen_US
dc.subjectDockingen_US
dc.subjectModelingen_US
dc.subjectSiklooksijenaz-2 inhibitörüen_US
dc.subjectYapı odaklı ilaç tasarımıen_US
dc.subjectModellemeen_US
dc.titleIn silico design of novel and highly selective cyclooxygenase-2 inhibitorsen_US
dc.typeMaster Thesisen_US
dspace.entity.typePublication
relation.isAuthorOfPublication9407938e-3d31-453b-9199-aaa8280a66c5
relation.isAuthorOfPublication.latestForDiscovery9407938e-3d31-453b-9199-aaa8280a66c5

Files

Original bundle

Now showing 1 - 1 of 1
Loading...
Thumbnail Image
Name:
In Sicilico Of Novel And Highly Selective Cyclooxygenase-2 Inhibitors.pdf
Size:
2.97 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:

License bundle

Now showing 1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
Name:
license.txt
Size:
1.71 KB
Format:
Item-specific license agreed upon to submission
Description:

Collections