Poz- Adrenerjik Reseptörün Kaba Taneli Moleküler Dinamik Simülasyonu ile Farklı Konformasyonlarının Araştırılması

dc.contributor.advisor Akten, Ebru Demet en_US
dc.contributor.author Cakan, Sibel
dc.contributor.author Akdoğan, Ebru Demet
dc.contributor.other Molecular Biology and Genetics
dc.date.accessioned 2019-07-12T08:36:04Z en_US
dc.date.available 2019-07-12T08:36:04Z en_US
dc.date.issued 2012 en_US
dc.department Enstitüler, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Kültür Varlıklarını Koruma Ana Bilim Dalı en_US
dc.department-temp Kadir Has University : Graduate School of Science and Engineering: Preservation of Cultural Heritage en_US
dc.description.abstract ß2 adrenergic receptor (ß2AR) is a G protein-coupled receptor, which belongs to thelargest family of membrane proteins and is the target of many drugs. ß2AR is highlyflexible and, able to recognize a wide range of ligands through its conformationalvariations. Although recent crystallographic experiments have revealed active andinactive conformations, they are not sufficient for deciphering the whole receptor?sdynamics. Molecular dynamics (MD) simulation is an alternative and efficientmethod to understand the protein dynamics. However, traditional all-atomsimulations do not reach the millisecond time scales at which many biologicalprocesses occur. Thus, coarse-grained (CG) modeling is used to reduce the numberof degrees of freedom. The system was composed of ß2AR embedded into apalmitoyl-oleoyl-phosphatidylcholine (POPC) membrane bilayer with surroundingwater. Main purpose of using a CG model is to explore a wider conformational spacethat would not be reachable via all-atom models. The local fluctuations were in goodagreement with all-atom simulations. Four snapshots were selected and reversemappedto all-atom representations. Each was later subjected to 100 ns MDsimulation for equilibration. RMSD clustering yielded distinct receptor conformersthat are both energetically and structurally acceptable. PCA analysis of CG-MDsimulations showed that the first five principle modes explained only 50% of theoverall dynamics compared to 85% in all-atom simulations. Maximum overlap valuebetween eigenvectors of CG and all-atom was determined as 0.46. Normalizedorientational cross-correlations between residue fluctuations revealed weakercorrelations in CG simulations compared to all-atomAPPEND en_US
dc.description.abstract ß2AR, G protein bağlantılı reseptör ve birçok ilaç için hedef moleküldür. Reseptörünson derece esnek olan yapısı bir çok ligant molekülünü tanıma özelliği sağlar. Sonyıllarda yapılan kristalografik çalışmalar reseptörün aktif ve inaktif yapısını ortayaçıkarmasına rağmen bu çalışmalar reseptörün tüm dinamiğini çözmek için yeterlideğildir. Moleküler dinamik (MD) metodu reseptörün tüm dinamiğini anlamak içinalternatif ve verimli bir yöntemdir. Ancak geleneksel atomistik simülasyonlar birçokbiyolojik olayın gerçekleştiği zaman aralığı olan milisaniye seviyelerine ulaşamaz.Bu nedenle, bu calışmada serbestlik derecesini azaltan kaba taneli modellemekullanıldı. Sistem POPC membran tabakası içine gömülü ß2AR ve sulardanoluşturuldu. CG model kullanılmasının asıl amacı atomistik modellerde mümkünolmayan daha geniş yapısal alanı ortaya çıkarmaktır. Reseptörün bölgesel hareketleriatomistik simülasyonlarla uyum içindedir. CG simülasyondan dört görüntü seçilmişve geri eşleme yöntemi ile atomistik modele çevrilmiştir. Daha sonra herbiri 100 nsuzunluğunda bir MD simülasyonuna tabi tutulmuştur. Enerjik ve yapısal olarak farklıreseptör yapıları ortaya çıkmıştır. CG MD simülasyonunun PCA analizi, ilk beşbirincil bileşenin tüm dinamiğin %50 sini açıklarken, atomistik simülasyonların %85ini açıkladığını göstermiştir. CG ve atomistik öz-vektörlerin maksimum örtüşmedeğeri 0.46 dır. CG modelde atomistik modele göre korelasyonlar daha zayıftır. en_US
dc.identifier.uri https://hdl.handle.net/20.500.12469/1976
dc.language.iso en en_US
dc.publisher Kadir Has Üniversitesi en_US
dc.relation.publicationcategory Tez en_US
dc.rights info:eu-repo/semantics/closedAccess en_US
dc.title Poz- Adrenerjik Reseptörün Kaba Taneli Moleküler Dinamik Simülasyonu ile Farklı Konformasyonlarının Araştırılması en_US
dc.type Master Thesis en_US
dspace.entity.type Publication
relation.isAuthorOfPublication 558d2b8e-c713-49e0-9350-d354abb5cd69
relation.isAuthorOfPublication.latestForDiscovery 558d2b8e-c713-49e0-9350-d354abb5cd69
relation.isOrgUnitOfPublication 71ce8622-7449-4a6a-8fad-44d881416546
relation.isOrgUnitOfPublication.latestForDiscovery 71ce8622-7449-4a6a-8fad-44d881416546

Files

Original bundle

Now showing 1 - 1 of 1
Loading...
Thumbnail Image
Name:
SibelCakan.pdf
Size:
84.49 MB
Format:
Adobe Portable Document Format

Collections