NMDA Tipi Glutamat Reseptörlerinin Çalışma Mekanizması ve Açık İyon Kanalı İnhibitörleri ile Etkileşimleri

Bu projenin amacı glutamat ve glisin nörotransmitterleri ile aktive olan tetramerik yapıdaki, ligant kapılı iyon kanalı ailesinin bir üyesi olan NMDA (N-metil-D-Aspartat) tipi glutamat reseptör iyon kanalının, iyon iletimine kapalı ve açık hallerinin hesaplamalı metotlar ile karakterize edilmesi üzerinedir. Projede bilgisayar bazlı sayısal metotlar kullanılarak reseptörde ligant bağlanması sonucu gerçeklesen lokal ve global hareketler hakkında bilgi elde edilmiştir. Projenin ilk basamağında NMDA reseptörünün yeni çözümlenmiş olan iki X- Ray yapısı baz alınıp, homoloji modellemesi yöntemi kullanılarak insan tipi NMDA modeli elde edilmiştir. Daha sonrasında proteinin dominant hareketlerini belirlemek icin normal mod analizini kullanılmıştır. Proteinler dinamik bir sistem olduğundan sayısal benzetim yöntemi olan moleküler dinamik metoduyla ligand-olmayan ve ligand-bağlı iki sistem simüle edilmiştir. 1300 nanosaniye koşturulan sistemlerde ligand bağlandığı bölgede kapanmaya sebep olurken, bu hareketin bağlayıcılar tarafından iyon kanalına iletildiği gözlemlenmiştir. Bu simülasyonların sonucunda gözlemlediğimiz bir diğer etki ise, ligant bağlandığı bölgeyi daha stabil hala getirerek reseptörün diğer bölgeleri ile etkileşimleri artırmaktadır.